Το οργανόγραμμα του ΙΔΕΠ, το οποίο αποτελείται από επιχειρησιακές μονάδες/εργαστήρια καθένα από τα οποία αντιπροσωπεύει ένα διακριτό κέντρο κόστους. Οι διαφορετικές περιοχές εξειδίκευσης των ερευνητών του ΙΔΕΠ αντικατοπτρίζονται στα διαφορετικά Ερευνητικά Εργαστήρια, τα οποία αντιπροσωπεύουν τις βασικές λειτουργικές μονάδες του Ινστιτούτου. Επιπλέον, η «οριζόντια» Μονάδα Αναλυτικών Υπηρεσιών εφοδιασμένη με σύγχρονο αναλυτικό εξοπλισμό υποστηρίζει τα υπόλοιπα εργαστήρια, ενώ το Εργαστήριο Νέων Δραστηριοτήτων φιλοξενεί ερευνητικές δραστηριότητες εξωτερικών συνεργατών και λειτουργεί ως εκκολαπτήριο για νέες και συνεργατικές ερευνητικές δραστηριότητες ανάμεσα στα εργαστήρια. Κάθε εργαστήριο εκπροσωπείται στη Συντονιστική Επιτροπή του Ινστιτούτου.